桑丹林尼姑寺院開始於1992年，最初是一個閉關中心。當逃離西藏的尼姑數量與日遽增的時候，直貢噶舉　澈贊法王隨即瞭解到需要建立一座尼姑寺院，該閉關中心也因而成了尼姑寺院。首批從西藏前來的尼姑們，於1996年末抵達尼姑寺院。原先尼姑們在她們自己的房間做飯，由於有更多的尼姑加入，1998年7月設置了共同廚房。

除了在1991年所建造的勝樂金剛佛堂，現在做為開放大眾使用的公共祈禱堂以外，在2001年2月28日也建造了一新的佛堂。佛堂由直貢噶舉　澈贊法王親臨開光，自此以後，每日的祈禱以及神聖日子的特殊祈禱也於此舉辦。接著幾年，在慷慨贊助者的幫助下，桑丹林尼姑寺院增建了教室、旅社、餐廳以及關房。